台灣小兒神經醫學會(以下簡稱本學會)原名為中華民國神經學會小兒神經學組，自民國74年起即為該學會之一分組，每月舉行月會，每年並於神經學會年會中舉辦小兒神經專題演講，並自民國76年開始舉行小兒神經專科醫師甄審，同時積極參與國際有關組織，如亞澳小兒神經醫學會及國際小兒神經學會等。

近年來有感於各國均已相繼成立小兒神經學會，而參與亞澳小兒神經醫學會等組織之業務會議均須以各國小兒神經醫學會為代表單位，爰經國內小兒神經同道之共識，遂於民國84年初召開籌備會議，展開發起人登記(共70人)後，於民國85年6月8日正式成立本學會，並選舉第一屆理監事，成立秘書處，通過學會組織章程，展開對內及對外之宣導與聯繫工作。初期每四個月發行會刊一期，每年舉辦學術演講會、教育演講及專科醫師甄審，每月仍有北、中、南三區之小兒神經月會，並於88年3月1日成立本學會之網際網站。